Aguirre begir seg sammen med en spansk ekspedisjon ut på jakt etter det mystiske El Dorado. Den tyranniske Aguirre begår mytteri mot gruppens leder og tar selv kommandoen i sin søken etter gull. Hans virkelighet blir mer og mer sinnsyk, og i en maktgal visjon bestemmer hans seg for å grunnlegge et nytt keiserdømme.